Um die Klimabilanz von Biokraftstoffen zu verbessern, hat der Deutsche Bundestag im Jahr 2009 beschlossen, die Quote ab dem Jahr 2015 auf eine Treibhausgasquote umzustellen. Das bedeutet, dass künftig vor allem jene Biokraftstoffe gefördert werden, die eine gute Klimabilanz haben, weil sie insgesamt weniger Treibhausgase ausstoßen und zwar über die gesamte Verarbeitungskette hinweg vom Acker bis zum Tank. Dadurch besteht auch ein Anreiz von der Anbaubiomasse wegzukommen, hin zu mehr abfallbasierten Biokraftstoffen.
Diese Umstellung erfolgt über eine Änderung im Bundesimmissionsschutzgesetz (18/2442, 18/2776) erfolgen. Dazu hat der Deutsche Bundestag am 9. Oktober 2014 einen Gesetzentwurf der Regierung verabschiedet.
Die Umstellung auf die Treibhausgasquote ist auch eine europäische Vorgabe. Deutschland setzt dies als erstes Land in Europa um.
Die bisher nach Energiegehalt festgelegte Quote wird auf eine Treibhausgasminderungsquote von zunächst 3,5 Prozent im Jahr umgestellt. Das Gesetz sieht vor, dass die Quoten ab 2017 auf vier Prozent und ab dem Jahr 2020 auf sechs Prozent festgelegt werden. Diese Quoten entsprechen den EU-rechtlichen Vorgaben der Kraftstoffqualitätsrichtlinie.